茜素红S染色 茜素红S属一种蒽醌类衍生物，是茜素磺酸钠盐，它能与碳酸钙或磷酸钙中的钙盐螯合形成橙红色复合物。一般来说这些染料在识别中至大量的钙时，效果优于轻微染色的微量钙沉积。但茜素红S往往对少量的沉积物可得到更可靠的结果。

尼氏染色，即Nissl染色法，是神经生物学家广泛使用的一种对神经细胞的染色方法，用于石蜡或冰冻切片神经元细胞浆中的尼氏小体（Nissl body）染色，在该染色中，尼氏小体清晰可见，可区分轴突和树突等。Nissl染色是以德国的精神病学家和神经病理学家Franz Nissl的名字命名的。

甲苯胺蓝染色 甲苯胺蓝（toluidine blue）是常用的人工合成染料的一种，属于醌亚胺染料类，这类染料一般含有两个发色团，一个是胺基，一个是醌型苯环，来构成色原显色。染料除有发色团外，还要有能使色原对组织及其他被染物产生亲和力的原子团即助色。

阿利新蓝染色（AB-PAS） 正常粘膜上皮能分泌中性和酸性粘液物质，中性粘液物质含有氨基己糖和游离的己糖基，酸性粘液物质也含有氨基己糖并含有各种酸根。此方法先染阿利新蓝将酸性粘液物质染为蓝色，并阻断酸性粘液物质中羧酸分子的乙二醇被高碘酸氧化生产二醛与雪夫试剂反应而着红色。只有中性粘液物质的乙二醇基被高碘酸生成二醛后与雪夫试剂中的无色品红作用生成红紫色复合物。

PAS糖原染色 PAS染色法（Periodic Acid-Schiff stain）又称过碘酸雪夫染色、糖原染色。在组织学上，主要用来检测组织中的糖类，一般用来显示糖元和其它多糖物质。过碘酸把糖类相邻两个碳上的羟基氧化成醛基，再用Schiff试剂和醛基反应使呈现紫红色。

天狼猩红（Picrosirius Red ）染色可用于区分Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型胶原，由于天狼猩红是一种强酸性阴离子染料，可与呈碱性的胶原反应，使胶原纤维在偏振光照射时，产生明显的双折光现象。不同的胶原纤维具有不同的旋光性，在偏振光显微镜下呈现相异的颜色，借以区分Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型胶原，Ⅰ型纤维：紧密排列， 显示很强的双折光性